在绿色食品生产中，肥料使用必须满足作物对营养元素的需要，使足够数量的有机物质返回土壤，以保持或增加土壤肥力及土壤生物活性。所有有机或无机（矿质）肥料，尤其是富含氮的肥料应对环境和作物（营养、味道、品质和植物抗性）不产生不良后果方可使用。
　　生产aa级绿色食品的肥料遵循如下原则：
　　1、禁止使用任何化学合成肥料。
　　2、禁止使用城市垃圾和污泥、医院的粪便垃圾和含有害物质（如毒气、病原微生物、重金属等）的垃圾。
　　3、生产者因地制宜采用秸杆还田、过腹还田、直接翻压还田覆盖还田等形式。
　　4、利用覆盖、翻压、堆沤等方式合理利用绿肥。绿肥应在盛花期翻压，翻埋深度为15cm左右，盖土要严，翻后耙匀。压青后15-20天材能进行播种或移苗。
　　5、腐熟的沼气液、残渣及人畜粪尿可用作追肥，严禁施用未腐熟的人粪尿。
　　6、饼肥优先用于水果、蔬菜等，禁止施用未经腐熟的饼肥。
　　7、叶面肥料质量应符合gb/t17419，或gb/t17420，或附录b中b3的技术要求，按说明稀释，在作物生长期内喷施2-3次。
　　8、微生物肥料可用于拌种，也可用作基肥和追肥使用。使用时应严格桉照使用说明书的要求操作。微生物肥料中有效活菌的数量应符合ny227中4.1及4.2技术指标。
　　9、选用无机（矿质）肥料中的煅烧磷酸盐、硫酸钾，质量应分别符合农业标准ny/t394-2000附录b中b1和b2的技术要求。